Una opción muy interesante a la hora de establecer infraestructuras agroecológicas es la de colocar las plantas auxiliares en asociación directa con el cultivo o cultivos en cuestión. Eso es lo que llamamos «asociación raíz con raíz», esto es, una relación muy estrecha entre el cultivo y la planta auxiliar. Esta técnica tiene una serie de ventajas, ya que no sólo nos permite jugar con las plantas atractivas para la fauna auxiliar, sino también con aquéllas que funcionan como repelentes de plagas, controladoras de enfermedades (como las plantas nematicidas, que mantienen a raya a los nematodos patógenos) y como «plantas trampa». Las plantas trampa son especies que atraen más fuertemente a las plagas hacia sí que los propios cultivos, permitiendo deshacernos de la posible plaga antes de que afecte a la producción.  

El uso de esta técnica puede realizarse tanto en frutales como en hortalizas, siguiendo diseños diferentes y usando las especies más apropiadas para cada tipo de cultivo.